ต่อมาในปีระกา พ.ศ. ๒๔๔๐ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จประพาสทวีปยุโรปเป็นครั้งแรก โดยเรือพระที่นั่งมหาจักรี พระเจ้าลูกยาเธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ มีพระชันษา ๑๗ ชันษา ทรงขออนุญาตลามารับเสด็จพระบรมชนกนาถ โดยมาเข้าร่วมกระบวนเสด็จที่เมือง กอล (Galle) เกาะลังกา เมื่อวันที่ ๑๙ เมษายน ๒๔๔๐ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้รับราชการตามตำแหน่งนายเรือในเรือพระที่นั่งมหาจักรี ภายใต้การบังคับบัญชาของกัปตันเรือพระที่นั่ง และได้ทรงถือท้ายเรือพระที่นั่งมหาจักรีด้วยพระองค์เอง ซึ่งเท่ากับว่าทรงแต่งตั้งให้เป็นนักเรียนนายเรือของสยาม โดยทรงฝึกงานภายใต้การดูแลควบคุมของ กัปตัน คัมมิง(Capt. R. S.D. Cumming R.N.) นายทหารเรืออังกฤษ ที่รัฐบาลสยามขอยืมตัวมาเป็นผู้บังคับการเรือพระที่นั่ง ดังที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีลายพระราชหัตถเลขาถึง สมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถว่า

          "ในเวลาที่เขียนหนังสืออยู่นี้ อาภากรกับหลวงสุนทรมาถึง อาภากรโตขึ้นมากและขาวขึ้น เขาแต่งตัวเป็นมิดชิพแมนมาพร้อมแล้ว ฉันได้มอบให้อยู่ใต้บังคับกัปตันเป็นสิทธิ์ขาด เว้นแต่วันนี้เขาอนุญาตให้มากินข้าวกับฉัน" และ "กัปตันชมนักว่าอาภากรถือท้ายดีอย่างยิ่ง วันนี้ถือในที่แคบไม่ได้ส่ายเลย ดูแกหยอดเต็มที่แล้ว"

          เล่ากันว่าพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็ทรง "ปลื้ม" ในพระเจ้าลูกยาเธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ ไม่น้อยเช่นกัน
          เมื่อพระเจ้าลูกยาเธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ เข้าเฝ้าพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวในเรือพระที่นั่งมหาจักรีแล้ว สมเด็จพระบรมชนกนาถ ทรงมีพระราชปรารภเกี่ยวกับพระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ ว่า

          "ชายอาภากรนั้นอัธยาศัยนั้นเป็นคนซื่อมาแต่เดิม เป็นผู้ที่สมควรแก่วิชาที่เรียนอยู่แล้ว ไม่เป็นคนที่มีอัธยาศัยที่จะใช้ฝีปากได้ในการพลเรือน แต่ถ้าเป็นการในหน้าที่อันเดียวซึ่งชำนาญคงจะมั่นคงในทางนั้นและตรงไปตรงมา การที่ได้ไปพบคราวนี้ เห็นว่าอัธยาศัยดีขึ้นกว่าแต่ก่อนมาก"

          เมื่อพระองค์ได้ตามเสด็จสมเด็จพระบรมชนกนาถในเรือพระที่นั่งจนถึงประเทศอังกฤษ จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ทรงศึกษาวิชาการทหารเรือต่อไป